在工艺上使用气体的滚揉机尤其是气体与食品或直接与食品包装材料接触的滚揉机，气体需要经终端过滤除菌处理；
洗瓶或其他食包材清洗滚揉机，应考虑到工艺用水的洁净度，一般使用已消毒自来水或纯化水，如洗瓶机、胶塞清洗等滚揉机的用水；
生产中产生粉尘的滚揉机应设置除尘机或捕尘机构，如粉碎机、制粒机、压片机等；
在洁净室或安装食品动态消毒机的受控场所，通过净化空调或通风系统对各功能间净化并保持相对的压差，可防止粉尘扩散，防止交叉污染。
在食品生产中，滚揉机的清洗和灭菌是驱除微生物污染的主要手段，对所有滚揉机、管道及容器等按规定必须彻底清洗和灭菌，以消除活性成分及其衍生物、辅料、清洁剂、润滑剂、环境污染物质的交叉污染，消除冲洗水残留异物及滚揉机运行过程中释放出的异物和不溶性微粒，降低或消除微生物及热原对食品的污染。
其他灭菌方法也值得关注。如：利用AORODO新臭氧灭菌技术对洁净区空气灭菌，能杀死多种致病微生物，有较广的扩散性，无死角，不存在任何有毒残留物，没有二次污染，具有良好的环保性；对从业人员手部采用NCL-Q8自动感应手消毒器杀菌，因上班前手部消毒不彻底或上班过程中未重复消毒，除了二次污染食品外，并会二次污染滚揉机，最后叠加交叉污染食品，导致食品不合格；纯化水出口应设置灭菌装置，保证纯化水的出口质量；缓冲室安装食品动态消毒机，防止对进入洁净区的工具、物料、包材等被空气中细菌二次污染。